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IsoCleft Finder est un outil en ligne pour la détection de similarités structurales et chimiques locales entre les cavités de liaisons de petites molécules et un ensemble de données non-redondant de cavités de liaison de petites molécules pré-établi. L'ensemble de données, disponible pour téléchargement, est composé de 7339 entrées représentant des combinaisons unique Pfam/Ligand-PDB (groupe code hetero) qui ont des niveaux connus de similarité au ligand (cognateligand similarity).

La cavité de référence en entrée peut être donné par l'utilisateur ou détecté automatiquement par le système en utilisant une entrée PDB connue ou donnée par l'utilisateur sous format PDB. Dans les deux cas, l'utilisateur peut raffiner la définition de la cavité de façon interactive en utilisant une interface Jmol. De plus, l'utilisateur peut restreindre la recherche à un sous-groupe de l'ensemble de données en utilisant un seuil de similarité (cognate-similarity threshold).

Les similarités structurales sont détectées à l'aide du programme IsoCleft et son ordonnées selon deux critères (nombre d'atomes en commun et le score de Tanimoto de similarité structurale locale) et leurs mesures statistiques z-score et p-value. Les résultats, incluant les ligands prédits, les protéines cibles, les scores de similarité, les atomes en communs, etc., sont montrés à l'aide d'une interface graphique élaborée. Cette interface permet la visualisation des ligands superposés sur la cavité donnée en entrée comme référence et affiche en plus un tableau montrant les paires de ligand-cible similaires.

IsoCleft Finder est actuellement hébergé à l'Institut de Bioinformatique Européenne (EBI).

Ci-dessus: Exemple d'IsoCleft. PDB 1O41 (vert) et 1O47 (rouge). Ces deux structures représentent la protéine SH2 cristallisée avec RU78300 et RU82209 respectivement. Isocleft a identifié 31 atomes similaires positionnés de façon géométriquement semblables (sphères). Dans ce contexte, IsoCleft permet de visualiser le déplacement des atomes du site actif suite à la liaison d'un ligand différent.

IsoCleft paper

Rafael Najmanovich, Natalja Kurbatova & Janet Thornton. Detection of 3D atomic similarities and their use in the discrimination of small-molecule protein binding sites. Bioinformatics 24, 105-111
View the article at Bioinformatics website

IsoCleft Finder Interface paper

Natalja Kurbatova, Matthieu Chartier, María Inés Zylber, Rafael Najmanovich (2013). IsoCleft Finder – a web-based tool for the detection and analysis of protein binding-site geometric and chemical similarities. F1000 Research, 2:117
View the article at F1000 Research website

 Finder Interface

  Contenu relié

 Voir la table de chaque entrée de la base de donnée ICFDB 1.6

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 Si vous avez des questions concernant IsoCleftFinder, veuillez contacter Natalja Kurbatova natalja@ebi.ac.uk ou Rafael Najmanovich rafael.najmanovich@usherbrooke.ca