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Sherlocc est un programme PERL capable d'analyser les familles de protéines pour localiser les régions occupées par des codons à fréquence d'utilisation basse (les agrégats de codons rares). Ce programme est une avancée car il permet une analyse à grande échelle du protéone via l'utilisation des familles de protéines Pfam (représentant près de 70% du protéome).

Les ressources disponibles ici rendent possible l'analyse rapide de toute la base de donnée Pfam (plus de 11 000 familles de protéines). Le résultat de l'analyse de chaque famille peut être visualisé sous la forme d'un fichier HTML qui permet de voir la position des agrégats de codons rares.

Vous pouvez utiliser l'interface de recherche Sherlocc qui contient déjà tout les résultats des analyses de toutes les familles de protéines Pfam pour des seuil de 13 à 18.

Les familles de protéines pour lesquelles des agrégats de codons rares ont été trouvés avec un seuil de 18 ont été regroupées par similarité structurale en utilisant la base de données CATH. Vous pouvez télécharger le fichier contenant ces familles regroupées par topologie structurale dans la barre de droite. Dans ce fichier, chaque catégorie structurale (classé par le niveau hiéarchique 'topologie' de CATH) pour laquelle il y a au moins deux familles de protéines avec un agrégats de codons rares est listée avec ses numéro d'accession Pfam.
Chartier M, Gaudreault F and Najmanovich R. (2012). Large scale analysis of conserved rare codon clusters suggests an involvement in co-translational molecular recognition events. Bioinformatics 28, 1438-1445

Voir les publications
  Sherlocc 1.0
  Interface de recherche

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 Schéma du fonctionnement de Sherlocc